Takich kombinacji jeszcze nie robiłem bo zazwyczaj wyrzucił bym menu. Ale raczej na 99% podmiana plików w kontenerze dała by radę i zachował byś menu, jeśli jest to Bluray jedno filmowy. Przy dwóch wersjach filmu na płycie mogły by już być problemy, bo takie filmy są rozbite na kilkanaście plików m2ts to więc trudniej by było rozbić napisy na kilkanaście części.
Możesz spróbować programu tsmuxer. Otwórz główny strumień video w folderze stream, znajdź największy plik. Można teraz dokonać demuxu napisów czeskich. Chodzi tylko o to byś poznał dokładną nazwę tego pliku, utworzone napisy PL będziesz musiał nazwać dokładnie tak jak te czeskie, po czym wrzucisz je do kontenera a te czeskie wykasujesz.
Do napisów używałem kiedyś clownSRTXMLSUB, przerabiał je na odpowiednią rozdzielczość, a później BDSup2Sub robił z tego kontener sup.
Możesz jednak spróbować łatwiejszego sposobu, tsmuxer z pliku srt napisów może utworzyć napisy w formacie sup dostosowanym pod BR bez zabawy innymi programami.
Otwierasz tym programem same napisy w formacie srt, w okienku struktur dajesz na demux. Wyjdzie z tego plik sup. o rozdzielczości Bluray'a. Później jedynie nazwę tego pliku zmieniasz tak by się pokrywała z nazwą tej czeskiej wersji napisów i robisz z nimi podmianę w kontenerze, tzn czeskie napisy wykluczasz a wrzucasz te twoje PL (tyle że przemianowane tak jak te czeskie). Jako plik wyjściowy dajesz plik m2ts, po czym utworzony plik mt2s możesz sprawdzić w media player classic czy są dobre napisy włączając język czeski. Jeśli są dobre to utworzony plik m2ts podmieniasz na miejsce tego pierwszego m2ts.
Jest jeszcze jedna możliwość o której myślę, po prostu dograć utworzone napisy SUP bezpośrednio do kontenera m2ts i nawet nie zakasowywać tych czeskich. Takich napisów w menu płyty nie znajdziesz ale na pilocie prawdopodobnie będziesz mógł się na nie przełączyć naciskając przycisk subtitles/napisy
.