Kolego jest to znany problem.
Sprawdź czy zgadzają Ci się FPS-y przy przerabianiu, lub jeżeli jest to stałe przesunięcie przez cały film to musisz przesunąć dźwięk lub obraz w odpowiednią stronę. Ja używam do łączenia mkvmerge GUI i tam jest zakładka "format specific options" i można wpisać "delay" w ms.
Na necie jest sporo informacji na ten temat.
