najprawdopodobniej masz zły plik MKV.
nie znam się na szczegółach, ale...
...poszukaj aplikacji MKVMERGE GUI, a następnie plik .mkv wrzuć do głównego okna aplikacji, w zakładce EXTRA OPTIONS w opcji COMPRESION wybierz NONE i potwierdź START MUXING...
nowo utworzony plik MKV powinien być...