Miałem podobny problem, chyba chodzi o rozdziałkę filmu, próbowałem chyba wszystkiego, jedyne co mogę Ci polecić to :
uncropMKV 1.5 + kodeki ffdshow_rev3342_2010331_clsid , u mnie trwa taki proces tym programem około 3-6 godzin ale film potem śmiga.... :) Jeżeli pomogłem to możesz darować sobie...