Rozwiązanie jest proste: BD 550 nie widzi dysków logicznych (a co najśmieszniejsze dopiero po aktualizacji).
Ja zrobiłem to w ten sposób - utworzenie 2 partycji podstawowych. Jedna w FAT32 (żeby widziało PS3-pliki poniżej 4GB), druga w NTFS dla MKV. Od tamtej pory wszystko śmiga.