Już sobie poradziłem. Przepuściłem te pliki przez mkvmerge w wersji 3.0.0 i teraz odpalają bez problemu na samsungu. (muksowanie trwało ok 3 minuty na film). Co do programu (XMedia Recode) jak dla mnie zbyt długo to trwa i obciąża procesor. Dzięki za odpowiedzi.